1. 接待區
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- 「明代正統仿宋針灸銅人」複製品
- 太極24式壁畫
太極的陰陽五行與中醫的理念同出一轍，博物館左右兩邊高牆展示太極二十四式招式，突出天人合一，身心均衡的理念。
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2. 歷代中醫藥展區
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- 展示由遠古至清代中醫藥的發展概況。區內陳列多件由徐氏藝術基金會捐贈、極具歷史價值的文物，當中包括戰國青銅蒸器、漢代各式陶器、遼代銀質鎏金匙勺及宋代黑釉研碗等。
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- 仿民初中醫藥館
展出一系列民初時期的中醫藥牌匾、診療用具及炮製器具，讓參觀者認識當時的藥館。
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3. 近代至現代中醫藥展區
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- 陳列多種珍貴之中醫藥書藉、涼茶盛器、手術器具、針灸用具；介紹中醫藥學院近期的研究成果和創新發明等。
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4. 中醫藥文化長廊展區
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- 展示中國傳統有關中醫藥的經典名言和成語典故，彰顯先賢醫者濟世為懷的高尚醫德。
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5. 互動遊戲區
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- 設有多款電腦互動遊戲，讓參觀者親身體驗中醫的精粹，包括脈診、舌診及中醫經絡介紹。
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6. 會議室
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- 會議室可容納約20人，除用作播放短片外，亦可用作演講室，舉辦不同類型的講座。
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7. 香港浸會大學中國銀行〈香港〉中藥標本中心（閣樓）
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- 該中心設在閣樓，以「正本清源，立標明真」為目標，希望增加市民對中藥種類鑑別及運用的認識。
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